Début des années 70, William Bell et Walter Bishop, deux scientifiques subventionnés par le Gouvernement Américain, mènent divers projets afin d'améliorer la technologie actuelle du pays. La première puissance mondiale se devait de réunir les meilleurs cerveaux, afin d'accroître ses capacités scientifiques et c’est ce qu’ils feront pendant des années. Moins d'une dizaine d'années plus tard, William Bell rencontre une certaine Nina Sharp. Tous les deux s'apprécient et trouvent un terrain d'entente, afin de créer une entreprise qui permettrait à nos deux scientifiques, d'être leur propre chef et de ne plus dépendre du Gouvernement.

Pendant ce temps, Walter Bishop rencontre la femme qui partagera sa vie. Ils auront un fils, Peter. Le garçon tombera très malade et l'impuissance d’un père scientifique pour sauver son fils, aura pour conséquence la mort de l'enfant, fin 1985.

Alors que les expériences du binôme battaient leur plein, notamment le projet « Cortexiphan », lourd en conséquence, mais bénéfique. Le Cortexiphan est une drogue administrée sur des enfants de Jacksonville, afin de développer les capacités inutilisées de leurs subconscients. Les capacités développées seront toujours présentes chez le « sujet », même à l’âge adulte. Une nouvelle aventure leur tendait les bras.

De son côté, Walter Bishop, totalement obnubilé par le décès de son fils, créa une sorte de miroir qui permettait de voir un univers parallèle. Il constata que son alter ego, un autre Walter Bishop, partageait le même fardeau que lui. Un fils mourant, incapable à soigner. Pourtant en travaillant en parallèle, nôtre Walter pu concocter l'antidote. Refusant de revoir la mort de Peter dans l'autre univers, il appela à l'aide son ami pour construire un portail lui permettant de traverser d'un monde à l'autre et de soigner le garçon. Malgré les avertissements de Nina Sharp quant à la traverser entre les deux mondes. Walter n’en fit qu’à sa tête et bouleversa toutes les lois fondamentales qui régissaient le monde. Le garçon fut ramené et sauvé, mais il ne rentra jamais chez lui. Le monde alternatif subi depuis cette nuit-là, les pires catastrophes climatiques et se jura de trouver le moyen de traverser pour faire payer le monde qui l'avait agressé. William Bell quant à lui, prit l'initiative de traverser afin de surveiller le Secrétaire de la Défense de l'univers alternatif, qui autrement dit surveiller un père qui avait perdu son fils, kidnappé par son double.

De part et d'autre, une section spéciale fut crée pour contrôler et maîtriser les phénomènes paranormaux, suite aux bouleversements crées par le passage entre les deux mondes, en 1985. Le Gouvernement espère pouvoir réunir les deux projets les plus importants au monde, la Fringe Division et la ville d’Eurêka, qui regroupe en elle seule, tous les meilleurs scientifiques du monde. Pourtant cette ville, n’est connue de personne, c’est une expérience top secrète, générée et financée par le Gouvernement, mais également l’armée. L'alliance se fera t-elle ? Les deux équipes vont-elles s'entendre ? Réussiront-ils à trouver une solution ? Tout reste à voir !